マルナゲECが楽天RMSを勝手に書き換えることはありますか

ありません。楽天RMSへ書き込むのは、お客様が画面で設定・予約した施策（イベント販促・RPP広告の入札・クーポンなど）だけです。

施策はすべて、反映する前に内容を確認する画面を通ります。楽天RMSへの書き込みは本番のサーバーだけに許可しており、開発用のサーバーや運営スタッフの手元の環境からは書き込めない仕組みにしています。

データの取得（売上・受注・商品・広告の読み取り）は、楽天RMSの内容を変えません。